Justine Hénin devient professionnelle en 1999. Entrainée par Carlos Rodriguez qui s'occupe d'elle depuis ses 14 ans, elle acquiert de l'expérience et réussit son premier coup d'éclat à Roland Garros en 2001 ou elle se hisse en demi-finale mais perd contre sa compatriote Kim Clijsters. La même année, elle parvient en finale à Wimbledon mais s'incline contre une des spécialistes de la surface, Venus Williams.

En 2003, Justine Hénin remporte son premier grand tournoi à Roland Garros face à Kim Clijsters qu'elle domine 6/0 6/4. Elle empoche dans la foulée son premier US Open, toujours contre la même adversaire, mais en livrant un gros combat contre Jennifer Capriati en demi-finale. Malgré les crampes et la menace Capriati qui se retrouve plusieurs fois à deux points du match, Justine n'abdique pas. Grâce à ces succès, elle est couronée numéro 1 le 20 octobre 2003.

En 2004, elle début l'année en confirmant son status. Elle bat encore Kim Clijsters en finale à l'Open d'Australie. Mais les mois suivants vont être perturbés, Justine étant atteinte d'un virus qui la laisse sans force pendant plusieurs semaines. Elle tente de défendre son titre à Roland Garros mais est battue dès le deuxième tour. Elle dispute le tournoi olympique qu'elle remporte mais le reste de la saison est plutôt terne, car elle n'est toujours pas remise de sa maladie. Elle perd sa place de numéro 1 en septembre.

L'année suivante, Justine remporte son deuxième Roland Garros en battant en finale Mary Pierce 6/1 6/1. En 2006, elle dispute les finales des quatre tournois majeurs mais s'incline deux fois face à Amélie Mauresmo (à l'Open d'Australie ou elle abandonne à cause de soucis de santé, et à Wimbledon) puis à l'US Open contre Maria Sharapova. Seul Roland Garros reste sa propriété.

En 2007, elle renonce à l'Open d'Australie évoquant des problèmes personnels. Elle divorce de son mari Pierre-Yves Hardenne. Elle remporte encore deux tournois du grand chelem: Roland Garros ou elle bat facilement Ana Ivanovic puis à l'US Open en battant Svetlana Kuznetsova.

En mai 2008, Justine annonce à la surprise générale qu'elle met un terme à sa carrière. Elle demande à ne plus figurer au classement mondial. Après un hiatus d'un an et demi, elle effectue son retour à l'Open d'Australie ou, bénéficiaire d'une invitation, elle parvient en finale, battue par Serena Williams. Son but affiché est de remporter le seul tournoi du grand chelem manquant à son palmarès: Wimbledon. Elle se blesse au coude lors du tournoi et met à terme à sa saison. En 2011, elle est battue au 3e tour à l'Open d'Australie. Elle décide de stopper sa carrière définitivement, son coude étant trop abimé suite à sa blessure de 2010.